1943
Bandar Udara Mopah Merauke dibuat oleh pasukan sekutu pada tahun 1943 yaitu pada masa perang dunia ke – 2. Bandar Udara tersebut dibangun untuk kepentingan darurat perang. Setelah perang, Bandar udara Mopah Merauke yang semula menjadi basis angkatan udara sekutu mulai ditinggalkan oleh sekutu dan digantikan oleh Pihak Sipil pada tahun 1945 yang di kelola oleh Organisasi Belanda yaitu N I C A (Nederland Civil Administrator). Adapun pesawat yang beroperasi pada saat itu oleh KIM (Komyn Celyce Lukfoort Maskapay).
Akan Tetapi Jauh Sebelum Itu, Pada tahun 1902, Merauke awalnya bernama Maroka. Merauke didirikan sebagai pos militer oleh Belanda ketika Kapal api “van Goens” berlabuh di Sungai Maro pada tanggal 12 Februari 1902 (Merauke, Pemerintah Daerah Kabupaten 2015) , ketika kapal uap Belanda (Van Goens) tersebut pertama kali singgah di kawasan Maroke dan bertanya kepada penduduk setempat, “Apa nama tempat ini?” dan di jawab ‘ehe’ (ini dia Sungai Maro), yang konon menjadi aksen Maroke yang akhirnya menjadi Merauke.
1980an – Sekarang
Mopah pernah memiliki status internasional dan menerima penerbangan internasional (mis. rute mingguan Air Niugini ke Daru) sekitar akhir 1980-an / awal 1990-an. Rute internasional tersebut kemudian berhenti beroperasi beberapa tahun kemudian (terpengaruh krisis ekonomi regional dan
perubahan trafik).
Terminal diperbesar/renovasi mulai beberapa tahun sebelum 2019; peningkatan kapasitas terminal dilaporkan sejak renovasi 2015 dan terminal baru mulai beroperasi pada 7 November 2019 (fase awal operasi terminal baru). Kapasitas dan fasilitas penumpang ditingkatkan untuk mengakomodasi pertumbuhan penumpang. dan Sekarang, (2025) Bandar Udara Internasional Mopah Merauke Kembali Lagi Statusnya menjadi Bandara Internasional yang ada di Indonesia.
Kepala Bandara Bandar Udara Internasional Mopah Merauke dari tahun ke tahun
Imam Munardi
Imam Munardi memimpin dari tanggal 1 September 1987 – 11 Nopember 1991
Matius Papare
Matius Papare memimpin dari 11 Nopember 1991 sampai tahun 1996
Wara Heronimus
Pada tahun 1996 sampai dengan 2004 oleh Wara Heronimus
Herson, S.H
Pada bulan Februari 2005 Jabatan Kepala Bandar Udara Kelas I Mopah Merauke dijabat oleh Herson,SH
Bambang Norobuntoro, S.Sos
Bulan September 2011 Jabatan Kepala Bandara dijabat oleh Bambang Norobuntoro, S.Sos
Rajokki Aritonang, ST., M.STr.
Pada Bulan Desember 2012 – Maret 2015 menjabat sebagai Kepala Bandar Udara Mopah Merauke
Ir. Asri Santosa. ST.S. SiT,MT
Pada tanggal 17 Maret 2015 – Februari 2016 Jabatan Kepala Bandar Udara Mopah dijabat oleh Bapak Asri Santosa
Ir. Budi Djatmiko.
Bulan Juli 2016 Jabatan Kepala Kantor Unit penyelenggara Bandar udara Mopah Merauke di Jabat oleh Ir. Budi Djatmiko.
Agus Irianto, S.M
Pada Bulan Januari 2019 Kepala Kantor Unit penyelenggara Bandar Udara kelas I Mopah Merauke dijabat oleh AGUS IRIANTO, S.M
Thomas Alva Edison Pepuho
Pada Bulan Desember 2019 sampai hari ini dijabat oleh THOMAS ALVA EDISON PEPUHO sampai dengan sekarang.